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番茄種子為扁平的卵形或腎形，呈灰褐色或黃褐色，種子表面有細茸毛。搓掉種子上的茸毛，有利于種子的吸水和發芽。
番茄種子比果實成熟快。一般情況下，開花授粉后35天左右的種子開始具有發芽能力，胚的發育是在授粉后40天左右完成的。授粉后40～50天的種子具備正常的發芽力，種子完全成熟是在授粉后50～60天。種子周圍有一層膠質。受果汁內存在的發芽抑制物質及果汁滲透壓的影響，種子在果實內不發芽。
常規條件下貯藏，種子壽命一般為3～6年，生產上種子適用年限為2～3年。大果型種子千粒重3～3.5克，小果型種子千粒重2～2.5克。
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